BIOINFORMÁTICA

En la actualidad existen varios proyectos para obtener la secuencia genómica completa del camarón (Litopenaeus vannamei), tal es el caso del proyecto brasileño disponible en http://www.shrimp.ufscar.br/en/introduction/. Existe también una biblioteca reciente de BACs (Zhang et al., 2009), además de una base de datos que cuenta con 7,478 EST´s de camarón. De éstos: 1,804 son genes de hemocitos, 1,136 de órganos linfoides, 1,466 de branquias, 1,013 de tallo ocular, 1,173 de sistema nervioso y 861 de hepatopáncreas, la mayoría de estos genes han sido obtenidos mediante bioensayos para estudios de inmunonutrición.

A pesar de la gran cantidad de ESTs depositados en bancos de genes, éstos no se han explotado para explicar fenómenos biológicos globales en el camarón, ni como herramienta potencial para facilitar la búsqueda de marcadores moleculares de salud, nutrición, maduración o estado ecofisiológico en general. Sumado a esto, es necesario validar los genes disponibles y aumentar la cantidad de genes que pudieran explicar algunos fenómenos importantes y poco representados en las bases de datos, como lo es la reproducción y maduración de la especie.

Objetivos:

Crear un arreglo molecular con al menos 5,000 genes de camarón, basados en el análisis y organización de bases de datos con información actualizada del genoma de camarón.

Establecer y facilitar la comunicación de una red interdisciplinaria de especialistas que permita aplicar el conocimiento existente del genoma de camarón en la explicación de fenómenos importantes en la ecofisiología, inmunología, nutrición y maduración del camarón, así como su respuesta en cultivo intensivo.

Productos:

• Laboratorio Virtual de Genómica de Camarón
• Base de datos de genes de camarón no redundante, organizada por unigenes, tejido de procedencia y características metodológicas de su obtención
• Página Web con información en línea de los avances del proyecto y comunicados de los investigadores colaboradores
• Banco físico de genes de camarón, disponible para la impresión de hasta 1000 microarreglos
• Microarreglo de primera, segunda y tercera generación
• Imágenes de expresión global de genes en C. elegans y de D. melanogaster
• Banco de datos de genes funcionales selectos.
• Prototipo de set de genes para evaluación de estado Nutricio, inmune, maduración y fisiológico de camarón.

Participantes:

Instituciones Participantes: