CIBNOR
Centro de Investigaciones Biológicas del Noroeste S.C.
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Curso: Taller de Análisis de datos NGS: RNAseq y metagenómica

Del 8 al 13 de Mayo 2017

La Paz, B. C. S., México

COORDINACIÓN GENERAL
Centro de Investigaciones Biológicas del Noroeste, S.C. (CIBNOR)
Dr. Ricardo Vázquez Juárez
Teléfono: (612)1238484 ext. 3667
Dra. Gabriella Rustici
Universidad de Cambridge

COORDINACIÓN LOGÍSTICA
Centro de Investigaciones Biológicas del Noroeste, S.C. (CIBNOR)
Departamento de Eventos
Silvia Alzaga Mayagoitia
Teléfono: (612) 1238484 ext. 3123

Contacto: Esta dirección de correo electrónico está siendo protegida contra los robots de spam. Necesita tener JavaScript habilitado para poder verlo.


Información General Programa Profesores Costos Patrocinadores Registro en Línea Cartel

 

INFORMACIÓN GENERAL

DIRIGIDO A: Dirigido a estudiantes de posgrado e investigadores involucrados o por iniciar proyectos que demanden el uso de plataformas de secuenciación NGS para diversas aplicaciones.

PERFIL DE LOS PARTICIPANTES: Se recomienda manejo de herramientas básicas de bioinformática. Aunque habrá un módulo introductorio de R, se recomienda familiarizarse con los comandos básicos de trabajo. Buen dominio de inglés (conversación y lectura).

OBJETIVOS: Adquirir conocimientos y competencias en el uso de herramientas y flujos de trabajo para el análisis avanzado de datos “omicos” de secuenciación de siguiente generación (NGS) y sus aplicaciones en genómica funcional y metagenómica.

DURACIÓN: 48 hrs.

JUSTIFICACIÓN: La obtención de datos en plataformas de secuenciación de próxima generación (NGS) es un recurso que ha experimentado un marcado crecimiento en los últimos años, impactando en prácticamente todas las áreas de la biología moderna por la diversidad de aplicaciones que ofrece, incluyendo genómica, metagenómica, transcriptómica, epigenómica. Sin embargo, nuestra capacidad de producir de datos sigue superando nuestra capacidad de análisis de los mismos, por lo que una capacitación continua que permita un mejor dominio de los diversos recursos bioinformáticos es deseable para un mejor aprovechamiento de estas oportunidades de investigación.

LUGAR: Centro de Investigaciones Biológicas del Noroeste, S.C., La Paz. Sala de Cómputo del Anexo de Posgrado.

IDIOMA: Inglés.

CUPO MAXIMO: 25 participantes
La relación de participantes y ponentes invitados permitirá una amplia oportunidad de interacciones uno a uno entre los participantes.

SEGURO DE SALUD: Se sugiere comprar en cada país la respectiva póliza, ya que el Comité Organizador no se hace responsable de enfermedad y/o accidente.

PROGRAMA

Horario: de 9:00 a 18:00 hrs. (Se dará una hora para toma de alimentos)

Lunes 8 mayo.
Introduction to Unix/R,
Intro to Next Generation Sequencing,
Quality control and data formats

Martes 9 mayo.
Introduction to scientific computing
Cloud computing,
Batch BLAST
Introduction to metagenomic assembly

Miercoles 10 mayo.
Actividad social. Visita a área protegida Isla Espíritu Santo (costo Incluido en la inscripción) https://golapaz.com/espiritu-santo/

Jueves 11 de mayo.
Downloading datasets from NCBI
Data quality checking, de-multiplexing
QIIME within simple diversity
QIIME Comparative diversity

Viernes 12 de mayo
RNA-Seq. Sequence alignments
Transcriptome assembly

Sabado 13 mayo
Differential expression analysis
Functional annotation

PROFESORES

  • Gabriella Rustici. Postgraduate Bioinformatics Training Manager. Department of Genetics Universidad de Cambridge. UK.
  • Nicolas Delhomme. Senior research engineer at Department of Plant Phyisology. Umeå University. Sweden.
  • Adina Howe. Genomics ansd Environmental Research in Microbial Systems. I owa State University. USA
  • Fan Yang. Genomics ansd Environmental Research in Microbial Systems. Iowa State University. USA
  • Dr. Jinlyung choi. Genomics ansd Environmental Research in Microbial Systems. Iowa State University. USA
  • Titus Brown. Data intensive Biology, UC Davis. USA.
  • Dr. Raul Martínez Rincón. CIBNOR
  • Dr. Alejandro Sanchez Flores. Unidad de secuenciación masiva y bioinformática. UNAM.

REGISTRO EN LÍNEA

Se ha llegado al cupo máximo, registro cerrado.

PATROCINADORES

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