Además de la sede en La Paz/Comitán, el CIBNOR cuenta con cuatro unidades foráneas:
Promover el desarrollo agrícola y pecuario sostenible en zonas áridas y semiáridas, prioritariamente de la región noroeste del país.
Vinculación tanto con el sector productivo como con el social a través de convenios de asesorías y proyectos productivos.
Presencia del CIBNOR en Guaymas para el aprovechamiento de los recursos de la zona costera mediante la ciencia y el posgrado.
Aclimatación, conservación, reproducción y crianza de organismos acuáticos.