Los investigadores de la línea de Moluscos se han enfocado a tres vertientes principales:

(1). La generación de conocimiento (ciencia básica) a nivel de ecofisiología, bioquímica, reproducción, inmunología, sanidad, calidad nutricional, mejoramiento genético y genómica de varias especies de moluscos, todos típicos del Noroeste del país, tales como ostiones del género Crassostrea (C. gigas y C. corteziensis), almeja mano de león (Nodipecten subnodosus), la almeja catarina (Argopecten ventricosus), la almeja generosa (Panopea globosa), la almeja negra (Chione (Chionista) fluctifraga), la madreperla (Pinctada mazatlanica), la concha nácar (Pteria sterna), el abulón (Haliotis spp.), entre otras más. Una de las vertientes de este estudio es el efecto del cambio climático (temperatura y pH) y la adaptación de ostiones y otros moluscos a estos cambios.

(2). Desarrollo regional, donde se trabaja sobre tecnología para la producción consistente de semilla de moluscos y la implementación de sistemas de engorda más eficientes a través de la conformación de pies de cría, la selección y el monitoreo ambiental de sitios de cultivo, la evaluación de las artes de engorda más propicias en determinados ambientes y el diagnóstico sanitario y de inocuidad alimentaria. Cabe destacar la transferencia de tecnología que se desarrollo como parte de un Programa de Mejoramiento Genético de ostión del Pacífico con líneas genéticas adaptadas a las condiciones del noroeste del país, así como de gastrópodos destinados a los productores de perlas a ciertos sectores del país. Un objetivo derivado del anterior es aplicar el conocimiento y la tecnología desarrollada en el CIBNOR a otras zonas del país para fomentar la acuicultura de ciclo cerrado de otras especies como C. virginica y aplicación de probióticos en el estado de Tabasco.

(3). Impacto social, donde se trabaja para incrementar el valor agregado de los moluscos, usando sub-productos que tradicionalmente se desechan como son vísceras y conchas, para desencadenar valor agregado y disminuir la contaminación, ambos factores que impacta principalmente a familias de escasos recursos.

El principal enfoque de esta Línea Estratégica es el desarrollo de tecnologías e innovación dirigidas a consolidar la camaronicultura en México, así como para desarrollar el cultivo de otras especies, tales como langostinos y langosta de agua dulce.

La Línea está conformada por un grupo de 22 investigadores y 37 técnicos, que junto con estudiantes, lleva a cabo investigación básica y aplicada, de manera multidisciplinaria, para generar conocimiento sobre temas de Sanidad, Patología, Inmunología, Nutrición, Tecnología de Alimentos, Fisiología, Biotecnología, Mejoramiento genético, Genómica, Bioeconomía, y Reproducción, entre otras, que permita optimizar y hacer más eficientes los cultivos de los organismos.

Ante las dificultades sanitarias y ambientales que enfrenta la camaronicultura tradicional en nuestro país, se ha dado particular énfasis a estudios para innovar en el desarrollo de cultivos hiperintensivos, con el uso de consorcios microbianos (biofloc), y cultivos integrados, de menor impacto para el ambiente y que sean rentables.

Se trabaja en estrecha colaboración con empresas relacionadas con la industria de la acuicultura, a través de proyectos de apoyo a empresas donde se realiza investigación orientada en conjunto, utilizando diversas fuentes de financiamiento, tales como Fondos Sectoriales, Regionales y de Innovación. Asimismo, se prestan servicios especializados a Comités de Sanidad, empresas de alimentos e ingredientes, laboratorios de producción, granjas de cultivo, etc.

El personal de la Línea cuenta con un gran capacidad para publicar en revistas científicas y da particular importancia a la formación de recursos humanos de alto nivel académico, a través de la capacitación y dirección de estudiantes de licenciatura, maestría y doctorado, y realiza también labores de divulgación y difusión sobre temas relacionados con el cultivo de crustáceos.

La línea de peces esta conformada por 7 investigadores, 8 cátedras y 5 técnicos. Involucra las áreas de nutrición en larvas, juveniles y adultos (probióticos, enzimas digestivas, técnicas transcriptómicas y genómica funcional en diferenciación, crecimiento, salud y digestión), fisiología de la reproducción (manejo del ciclo de maduración, inducción hormonal y primera madurez,) patología con énfasis en inmunología, parasitología y patogénesis microbiana; genética (manejo de reproductores y estudios poblacionales). El uso de herramientas moleculares prácticamente en todos los temas.

Se trabaja en el desarrollo de la tecnología de varias familias de peces marinos, Lutjanidae (pargos, Lutjanus peru, L. argentiventris y L. aratus), Serranidae (cabrillas Paralabrax maculatofacsiatus y Mycteroperca rosacea), Carangidae (jureles, Seriola lalandi y S. rivoliana) y Centropomidae (robalos, Centropomus viridis y C. medius) principalmente. Por supuesto en colaboración con otros especialistas del centro y de otras instituciones.

Se han obtenido desoves tanto naturales por medio del control de su ciclo biológico con el manejo de temperatura y fotoperiodo y también con técnicas de inducción con hormonas. Hemos contado con convenios de colaboración con empresas en el cultivo de huachiangos (Lutjanus peru), Totoaba (Totoaba macdonaldi) y Jurel (Seriola lalandi y Seriola rivoliana), las cuales ya cuentan con producción comercial y actualmente para el desarrollo de la tecnología del robalo. Se cuenta con sistemas para el manejo de reproductores, producción de alimento vivo y cultivo larvario.