La colección de microalgas del CIB, cuenta con dos cámaras de temperatura controlada (24 ± 1 ºC y 20 ± 1ºC). Para la iluminación se utilizan lámparas de tubos LED de temperatura de color de 3000, 4000 y 6000 grados K y 18 W, una intensidad luminica de 2000 a 3200 Luxes y un fotoperiodo 12:12 horas. 

Las resiembras se llevan a cabo en campana de flujo laminar marca Labconco. Los periodos de resiembra varían dependiendo del género o especie de microalga o cianobacteria y van desde 30 días hasta 3 meses. 

Para el cultivo y mantenimiento se utilizan matraces Erlenmeyer de vidrio de 50 y 125 y ml con tapón de esponja y plástico estéril. Todo el material de vidrio, medios de cultivo, soluciones de nutrientes, agua de mar y destilada, se esterilizan en autoclave. El agua de mar utilizada para los medios de cultivo se deja reposar por lo menos 1 mes en la oscuridad, a 25 ºC antes de su uso. Con el fin de eliminar la materia orgánica en suspensión, toda el agua de mar es filtrada por membranas de fibra de vidrio de 45 mm y 0.47 µm de poro antes de ser esterilizada. Para la revisión periódica de las cepas, aislamiento y purificación, también se emplea un microscopio marca Carl Zeiss modelo AxioLab A1, equipado con campo claro, campo oscuro, contraste de fases y fluorescencia, un microscopio invertido y un microscopio estereoscópico marca Leica Modelo 2000.

La colección de microalgas del CIB cuenta con el apoyo del laboratorio de Alimento Vivo para realizar estudios de: ecofisiología, análisis de lípidos y ácidos grasos por cromatografía de gases y taxonomía de microalgas por métodos moleculares y de ultramicroscopía para la clasificación taxonómica de diatomeas.