Durante mi trayectoria como investigador he publicado 22 artículos en revistas de investigación científica (JCR/Conahcyt), dos libros y once capítulos de libro sobre economía del medio ambiente y de los recursos naturales. Impartí cursos en la Maestría en Economía del Medio Ambiente y Recursos Naturales de la Universidad Autónoma de Baja California Sur (UABCS). También he formado recursos humanos de posgrado mediante la dirección de tesis con temas de economía de recursos naturales y medio ambiente. Fui responsable técnico del proyecto “Capacidad de adaptación al cambio climático: una propuesta para medir la vulnerabilidad y resiliencia ante impactos de ciclones tropicales en Baja California Sur” financiado por el Fondo Sectorial SEP-CONACYT, ciencia básica 2015-I. En cuanto a actividades de divulgación científica he participado activamente en medios electrónicos a través de Podcast, Radio y notas de opinión en periódicos de circulación nacional como El Sol de México y La Crónica.

Durante la trayectoria de investigación, he contribuido en la evaluación de los efectos de las actividades antrópicas en el uso, manejo y conservación de los recursos naturales y medio ambiente. Para ello, se han utilizado diferentes herramientas sobre valoración económica de los recursos naturales (agua, biodiversidad, conservación), bioeconomía (pesca, acuicultura), la construcción de indicadores de sustentabilidad (turismo, acuicultura) así como la evaluación de intangibles generados por la sociedad del conocimiento a través de las herramientas de la protección intelectual, desarrollo tecnológico y transferencia de tecnología en el ámbito económico y social. Como casos de estudio específico he realizado trabajos sobre la Valoración Económica de Recursos Naturales en ambientes extremos, zonas áridas y Áreas Naturales Protegidas; La construcción de Indicadores de Sustentabilidad para diferentes sectores productivos; El Análisis Bioeconomico para diferentes sectores productivos; La Evaluación de los procesos de protección de intangibles, desarrollo tecnológico y transferencia de tecnología en el ámbito económico y social. Recientemente he contribuido en la identificación de la potencialidad de los proyectos de innovación para transferencia de conocimiento en Baja California Sur orientado a programas y políticas públicas para el impulso de una economía basada en el conocimiento en BCS y en la Evaluación del impacto en los recursos genéticos en términos económicos y tecnológicos en el marco del Protocolo de Nagoya en México.

Laboratorio de Conservación y Desarrollo Sustentable

El trabajo Académico de Ortega-Rubio ha versado ineludiblemente en aspectos Socio-Ecológicos enfocados directamente a la promoción de la protección, manejo, y restauración de nuestros Recursos Naturales y de la Conservación de la Diversidad Biológica de México, específicamente en Áreas Naturales Protegidas. Trabajar, desde el punto de vista Académico, en estos aspectos ha generado una amplia obra publicada que incluye 230 artículos de investigación ya publicados, así como 29 libros y 124 Capítulos de Libros. Asimismo, Ortega-Rubio ha desarrollado una muy significativa formación de Recursos Humanos de alto Nivel, lo que incluye un total de 79 nuevos Doctores, Maestros en Ciencias y Profesionistas a través de la Dirección de sus respectivas Tesis ya concluidas. Todo ello le ha permitido alcanzar, por Cuarta ocasión consecutiva, el Nivel de Investigador Nacional Nivel III, que es la máxima categoría que el Gobierno de la República otorga a los científicos mexicanos de su Edad. Actualmente cuenta con la máxima distinción de Investigador Nacional Emérito del  Sistema Nacional de Investigadores (SNI), otorgada por el Consejo Nacional de Ciencia y Tecnología (CONACYT).

Las Temáticas en las que se desarrolla su Investigación Ortega-Rubio han sido aplicadas directamente a aspectos relacionados con la protección, manejo, y restauración de nuestros Recursos Naturales de México, y estos esfuerzos han cristalizado en aciertos tan tangibles como lo ha sido la coordinación de la elaboración de todos los estudios para fundamentar 3 sendos Decretos de Reservas de la Biosfera, el de haber dirigido estratégicos estudios sobre especies en Riesgo de Extinción, y el de haber dirigido investigaciones orientadas al desarrollo económico y social de comunidades locales en Zonas de Influencia de Áreas Naturales Protegidas.

El conocimiento científico generado en estas Temáticas ha brindado genuinamente los elementos requeridos para su aplicación en acciones de remedio y para freno del deterioro ambiental natural de nuestros Recursos Naturales y la Vida Silvestre y han redundado en la Gestión de Políticas Públicas para la custodia del entorno natural, habiendo incidido en logros tangibles para la Conservación de los Recursos Naturales en nuestro País.