La línea estratégica de Agricultura Orgánica realiza investigación de ciencia básica y aplicada para una mejor distribución de los recursos naturales dentro de la cadena agroalimentaria. La investigación está vinculada con el desarrollo de tecnologías propias para el monitoreo y manejo de variables involucradas en los esquemas de la producción agrícola y pecuaria, promoviendo que los productores sustituyan el uso de agroquímicos o fertilizantes sintéticos por biofertilizantes y fertilizantes de origen natural, así como la implementación de sistemas automatizados de fertirrigación. Se tienen como objetivos identificar los retos y oportunidades de la agricultura orgánica como una alternativa regional para el desarrollo rural sostenible y la reducción de la pobreza con innovación pertinente para fortalecer el sector agropecuario en zonas áridas.