La línea estratégica de Agricultura Orgánica realiza investigación de ciencia básica y aplicada para una mejor distribución de los recursos naturales dentro de la cadena agroalimentaria. Está vinculada a una nueva tecnología para el monitoreo de las variables de producción, promoviendo que los productores sustituyan el uso de agroquímicos o fertilizantes sintéticos, mediante la aplicación de biofertilizantes. Se tienen como objetivos identificar las limitaciones y oportunidades de la agricultura orgánica para el desarrollo rural sostenible y la reducción de la pobreza, así como la incorporación de la agricultura orgánica como una alternativa regional.