La Línea Estratégica Agrotecnología y Recursos Energéticos es una línea agropecuaria multidisciplinaria cuyos objetivos se centran en estudios de respuesta al estrés salino en plantas de interés agronómico y su relación con la tolerancia a factores adversos, la fisiotecnia y prácticas agronómicas de cultivos alternativos e hidropónicos en sistemas de acuaponía como recursos fitogenéticos potenciales para las zonas áridas y semiáridas. La sección de nanociencias se encarga del diseño y desarrollo de nanoestructuras para su uso como nanobiosensores, nanofertilizantes, nanopesticidas, nanofungicidas y como vehículos de transporte para biomoléculas y biofármacos (nanovacunas). Además, se desarrollan estudios inmunológicos de vacunas, probióticos e inmunoestimulantes experimentales como alternativas de prevención de enfermedades en animales de interés pecuario.