La Línea Institucional “Agua, Suelo y Clima en Zonas Áridas” desarrolla su investigación alrededor de temas sobre los recursos agua y suelo en el entorno del clima prevaleciente y sus variaciones hidro-climáticas, con prioridad en el noroeste de México. Los temas abarcan aspectos y problemáticas relacionadas con el ciclo hidrológico, disponibilidad de agua y sostenibilidad del suelo en agricultura. Mediante colaboraciones y proyectos de investigación se busca generar resultados que se transfieran al sector social, organismos públicos y empresas o grupos productivos. En esta Línea se desarrollan estudios que versan sobre temas relacionados con dichos recursos: Calidad y disponibilidad del agua para la agricultura, ciencia y tecnología hidroecológica, evaluación de agroecosistemas, salinidad de suelos y cultivos halófitos, hidráulica e hidrología agrícola, edafología, agroecología, ingeniería de irrigación, química del agua, fertilidad del suelo, diagnóstico y gestión de cuencas, conservación del agua y suelo, cambio climático, almacenamiento y flujos de CO2. Se realizan vinculaciones y proyectos en colaboración con dependencias de los tres niveles de gobierno y organismos descentralizados. Además de la generación de información científica y formación de recursos humanos, se contribuye con Planes de Manejo de Cuencas y Acuíferos, propuestas de ordenamiento, reglamentación de acuíferos y otros.